当機構は、資源循環型の持続可能な「食糧生産の実現」、「生物資源の有効活用」の２つを助成の対象としますが、その中で特に以下に記載する課題の解決を目標とし、資源循環型社会の実現に資する基礎研究、技術開発、実証等に対して支援します。

• ● 持続可能で、かつ環境負荷を最小限にする食糧生産の実現に寄与する。
• ● 枯渇する天然資源の使用を最小限にする。
• ● 食糧生産や食品加工において排出される廃棄物の削減や、例えば再生可能エネルギーへの変換のように再利用を可能にする。
• ● 自然環境を永続的に豊かにする。